Andreas Bender

Center za molekularne informacijske znanosti Univerze v Cambridgeu, Velika Britanija

Speaker 1

Biografija: Dr. Andreas Bender je docent molekularne informatike Oddelka za kemijo na Centru za molekularne informacijske znanosti Univerze v Cambridgeu, kjer je vodja skupine približno 22 podoktorskih raziskovalcev, doktorskih in podiplomskih študentov ter znanstvenih sodelavcev. Dr. Bender se ukvarja z vključevanjem in analizo kemijskih in bioloških podatkov, s katerimi želi razumeti delovanje fenotipskih spojin (kot so celični odčitki in učinki na organizmu) na mehanski stopnji, pri čemer predvideva molekularne značilnosti tako učinkovitosti kot toksičnosti spojine in ponovno uporabo zdravila. Doktoriral je na Univerzi v Cambridgeu, delal je kot vodja skupine za računalniško raziskovanje pri Novartisu v Cambridgeu in na nizozemski Univerzi v Leidnu. Leta 2013 je za vzorčenje učinka zmesi kemijskih struktur v bioloških sistemih z mehanskimi pristopi prejel štipendijo Evropskega raziskovalnega sveta za dosežke na dotlej še precej neznanem področju.

Bio- in kemoinformacijske metode za analizo načina delovanja

Medtem ko fenotipski (tudi obsežni) presejalni testi ponujajo kompleksne in bogate podatke, primerne za določeno bolezen, je njihovo združevanje ob razumevanju delovanja spojin pogosto ključnega pomena tako za optimizacijo spojin kot odobritev zdravil. V predstavitvi bom opisal aplikativne metode s področja bio- in kemoinformatike ter njihovo uporabo v praksi.

Virtualni presejalni testi in oblikovanje knjižnic

Kemijski prostor naj bi vseboval približno 10^60 različnih molekul, v praksi pa je mogoče analizirati le med deset tisoč (v kompleksnejših testih) do stotine milijonov (v DNA-kodiranih knjižnicah) spojin, kar je precej manj. Zato je pomembno izbrati »primeren« kemijski prostor, v katerem določati, katere spojine analizirati, vključno v virtualnimi presejalnimi testi in načrtovanjem knjižnic. Prispevek govori tako o metodah kot praktični aplikaciji obeh tem.